FPIK IPB University memiliki lima program studi yang terdiri dari Teknologi dan Manajemen Perikanan Budidaya, Manajemen Sumberdaya Perairan, Teknologi Hasil Perairan, Teknologi dan Manajemen Periakanan Tangkap, dan Ilmu dan Teknologi Kelautan. Kelima program studi tersebut sudah terakreditasi oleh BAN PT dan akreditas internasioanl serta didukung oleh tenaga pengajar yang unggul dan berprestasi.